Lidské tělo je složeno z velkého množství atomů různých látek. Magnetické momenty (spiny) atomů těchto látek se při působení silného magnetického pole "srovnají" ve směru orientace tohoto magnetického pole. Při "budícím" radiofrekvenčním pulsu se spiny atomů vychýlí a po skončení trvání tohoto pulsu se spiny zase vracejí do "zarovnané polohy". Při návratu do této polohy vysílají atomy různé signály. Po změření těchto signálů je možné pomocí různých výpočetních algoritmů zobrazit jejich podobu na monitoru.
Radiologický asistent provádí snímky, které jsou následně vyhodnoceny lékařem radiologem.
Před každým MR vyšetřením musí být podepsán informovaný souhlas pacienta.